UPO Biobank è dotata di una sala criogenica di 136 m² che ospita congelatori meccanici a  -20°C e a -80°C, e contenitori per azoto liquido a -196°C, oltre a un laboratorio per la preparazione dei campioni biologici. La Biobanca può attualmente ospitare fino a 200,000 campioni a temperature inferiori a -70°, e oltre 250,000 campioni in azoto liquido.

L’accesso agli ambienti della biobanca avviene tramite l’utilizzo di badge elettronici ed è consentito al solo personale autorizzato in presenza di un sistema di videosorveglianza. La gestione della banca è supportata da un sistema di controllo centralizzato in grado di monitorare e registrare tutti i parametri operativi (la percentuale di ossigeno ambientale, la fornitura dell’azoto liquido e la temperatura dei criocontenitori) 24/24h e 7/7gg. Ogni allarme identificato come critico potrà essere inviato via SMS, chiamata vocale o e-mail agli operatori coinvolti al fine di consentire l'intervento in caso di emergenza.

Il medesimo sistema informativo consente di tracciare la "vita" del campione biologico dall'accettazione all'analisi, con un particolare dettaglio delle posizioni di stoccaggio, le eventuali movimentazioni e le possibili criticità. Un piano di emergenza definisce le procedure per la salvaguardia dei campioni in caso di disastro ("Disaster Recovery Plan").

La biobanca è anche dotata di un laboratorio biosicurezza di livello 2 (BSL2) per il trattamento dei campioni, per la estrazione dei derivati cellulari e la loro preparazione per le analisi omiche.